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光合菌群（好气性和嫌气性）
如光合细菌和蓝藻类。属于独立营养微生物 ，菌体本身含60%以上的蛋白质 ，且富含多种维生素，还含有辅酶Q10、抗病毒物质和促生长因子；它以土壤接受的光和热为能源，将土壤中的硫氢和碳氢化合物中的氢分离出来，变有害物质为无害物质，并以植物根部的分泌物、土壤中的有机物、有害气体（硫化氢等）及二氧化碳、氮等为基质，合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主要力量。光合菌群的代谢物质可以被植物直接吸收，还可以成为其它微生物繁殖的养分。光合细菌如果增殖，其它的有益微生物也会增殖。例如 ：VA菌根菌以光合菌分泌的氨基酸为食饵 ，它既能溶解不溶性磷，又能与固氮菌共生，使其固氮能力成倍提高。
乳酸菌群（嫌气性）
以嗜酸乳杆菌为主导。它靠摄取光合细菌、酵母菌产生的糖类形成乳酸。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解。乳酸菌能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。致病菌活跃，有害线虫会急剧增加，植物就会衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害线虫便会逐渐消失。
酵母菌群（好气性）
它利用植物根部产生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖类及其它有机物质产生发酵力，合成促进根系生长及细胞分裂的活性化物质。酵母菌在EM中对于促进其它有效微生物（如乳酸菌、放线菌）增殖所需要的基质（食物）提供重要的给养保障。此外，酵母菌产生的单细胞蛋白是动物不可缺少的养分。
革兰氏阳性放线菌群（好气性）
它从光合细菌中获取氨基酸、氮素等作为基质，产生出各种抗生物质、维生素及酶，可以直接抑制病原菌。它提前获取有害霉菌和细菌增殖所需要的基质，从而抑制它们的增殖，并创造出其它有益微生物增殖的生存环境。放线菌和光合细菌混合后的净菌作用比放线菌单兵作战的杀伤力要大得多。它对难分解的物质，如木质素、纤维素、甲壳素等具有降解作用，并容易被动植物吸收，增强动植物对各种病害的抵抗力和免疫力。放线菌也会促进固氮菌和VA菌根菌增殖。
发酵系的丝状菌群（嫌气性）
以发酵酒精时使用的曲霉菌属为主体，它能和其他微生物共存，尤其对土壤中酯的生成有良好效果。因为酒精生成力强，能防止蛆和其他害虫的发生，并可以消除恶臭。
由上可见，各类微生物都各自发挥着重要作用，核心作用是光合细菌和嗜酸性乳杆菌为主导，其合成能力支撑着其他微生物的活动，同时也利用其他微生物产生的物质，形成共生共荣的关系，保证EM状态稳定，功能齐全，发挥出集团军作战的强大能量。EM的主要功能是造就良性生态。只要施用恰当，它就会与所到之处的良性力量迅速结合，产生抗氧化物质，清除氧化物质，消除腐败，抑制病原菌，形成适于动植物生长的良好环境，同时，它还产生大量易为动植物吸收的有益物质，如氨基酸、有机酸、多醣类、各种维生素、各种生化酶、促生长因子、抗生素和抗病毒物质等，提高动植物的免疫功能，促进健康生长。
家庭制作
EM菌是由酵母菌、乳酸菌和光合菌等组成的微生物制剂。欲称EM原露，它通过采用适当的比例和独特的发酵工艺，形成多种多样的微生物菌液。广泛应用于种植业、养殖业、环境保护等诸多领域。工厂化生产出的成品因价格过高，很难大规模推广。现将一种简单的家庭培育EM技术介绍如下。
(一)培育室及用具：暗室一间。50L的红色塑料桶、量筒、矿泉水瓶、PH试纸。
(二)原料：EM菌种、红糖、蜂蜜、水、发酵促进剂。
(三)EM菌培养液配制比
例：EM菌：红糖：蜂蜜：水=l：2：0．5：45。
(四)生产工艺流程：
(1)将塑料桶、矿泉水瓶、量筒等用具经灭菌消毒处理备用。
(2)在每个桶中放入2公斤红糖，倒入45公斤干净的生水(自来水不可用来培育EM)，然后加入l公斤的EM菌种，最后盖上桶盖，不必完全密封，将桶置于暗室内让其在半密封状态下发酵。
(3)室温在25—35℃，发酵进行到第3天时，水面会出现泡沫，这时需加入发酵促进剂50克，加快发酵速度，促进有益微生物的生成；第8天时，泡沫慢慢消失，水面浮起一片白色的悬浮物；到第l1天时，需加入0．5公斤的蜂蜜：到第l3天左右时，悬浮物沉人桶底，发酵结束。
(4)EM菌在25—35℃之间，l3天左右即成；在15-25℃之间，l5天左右即成，15℃以下需17-19天才成，培育的EM菌符合以下规定方可使用：①其颜色为棕或黄褐色；（有较浓的甜酸味或酸味）；⑧用量筒取少量倒人矿泉水瓶中，拧紧瓶盖并摇晃几下，产生大量泡沫；④测试PH值在3．5以下。
(五)注意事项：
(1)培育好的EM应该用红色或绿色的半透明容器密封包装，放置在凉干燥处保存。
(2)在培育过程，有时会发现培养液上浮起些小虫，这是由于光线过强造成的。
(3)当接种成功后，就可重复以上方法不断培育，以上所培育每一桶EM均可作菌种循环培育。
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