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水草种类繁多，分类自然也多，人们所知没有一种正确而又具体的分类，而根据各种不同的情况，而进行了以下四种分类：
1、根据水草的形态特征的不同，而进行分类，水草分为有茎类水草、丛生类水草、椒草类水草、皇冠类水草、水榕类水草、根茎类水草、蕨类水草、苔藻类水草等八大类。
2、根据水草造景的情况分类。根据水草在水族箱中的种植位置或造景区域一般可分为前景草、中景草和后景草。
前景草指种植在水族箱前部的水草，一般多为小型草，较低矮。如矮珍珠、地毯草、牛毛毡、香菇草等；
中景草指种植在水族箱中部，介于前、后景草中间的草。如铁皇冠、荷根、虎耳草等；
后景草指种植在水族箱后部的草，一般为大型、较高的草。如小圆叶、金鱼草、菊花草、小罗兰等。

3、根据生长形态与水的关系分类。依水草的生长形态和水的关系分为沉水性水草、浮叶性水草、浮水性水草、挺水性水草和中间性水草。
挺水性水草指根生于水底、叶伸出水面、花开在空中之类的水草，如大柳Hygrophila corymbose；
浮叶性水草指根生于水底、叶浮在水面上之类的水草，如香蕉草 Nymphoides aquadca；
浮水性水草指不在水底扎根、根部垂直于水中的水草，如槐叶萍 Saivmia auriculata；
沉水性水草指整株植物体都生长在水中的水草，如金鱼草 Caboma carliniana；
中间性水草指那些无固定的根、茎、叶，生于水中之类的水草，如鹿角苔 Ricciafluitans 。
4、根据水草亲源关系的生物学分类法 可分为灌类植物、苔藓植物、蕨类植物、双子叶植物和单子叶植物。
藻类植物只有轮藻1 种；
苔藓植物含有4 科属植物；
蕨类植物含有5科属植物；
双子叶植物含有37科属植物；
单子叶植物含有25科属植物。
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